Etwa ein Jahr nachdem Ultron von den Avengers besiegt wurde, gelingt es Steve Rogers (Chris Evans), Natasha Romanoff (Scarlett Johansson), Sam Wilson (Anthony Mackie) und Wanda Maximoff (Elizabeth Olsen) den Hydra-Agenten Brock Rumlow (Frank Grill) davon abzuhalten, eine biologische Waffe aus einem Labor in Lagos zu stehlen.
Rumlow sprengt sich jedoch in die Luft um, Rogers mit in den Tod zu reißen. Doch Wanda lenkt die Explosion telekinetisch ab, zerstört dabei versehentlich aber ein nahe gelegenes Gebäude und tötet mehrere humanitäre Helfer aus Wakanda.
Nach diesem Ereignis informiert der US-Außenminister Thaddeus Ross (William Hurt) die Avengers, dass die Vereinten Nationen die Verabschiedung des Sokovia-Abkommens vorbereiten, mit dessen Hilfe ein UN-Gremium zur Überwachung und Kontrolle des Teams eingesetzt werden soll.
Tony Stark (Robert Downey Jr.) befürwortet die Überwachung aufgrund seiner Rolle bei der Erschaffung von Ultron und der Verwüstung von Sokovia, während Steve Rogers mehr Vertrauen in sein eigenes Urteilsvermögen als in das der Politiker hat.
In der Zwischenzeit spürt Helmut Zemo (Daniel Brühl) Barnes' alten Hydra-Betreuer auf, tötet ihn und stiehlt ein Buch mit den Codewörtern, die Barnes Bewusstseinskontrolle aktivieren.